1、 使用发票、开具发票不同。

A、一般纳税人可以开增值税专用发票和普通发票，但不可以开具增值税专用发票给小规模纳税人，只能开具17%增值税普通发票给小规模纳税人。

B、小规模纳税人销售只能开普通发票，不可以自开增值税专用发票，只能到税局前台代开3%增值税专用发票。2016年营改增调整后部分行业的小规模纳税人可自开3%增值税专用发票。

2、账务处理不同。一般纳税人与小规模纳税人都可以收普通发票和增值税专用发票，二者收取增值税发票后帐务处理不同。

A、一般纳税人按价款部分计入成本，税款部分计入"应交税金--应交增值税--进项税额"帐户。

B、规模纳税人则按全额进入成本。

3、 应交税金的计算方法不同。

A、一般纳税人按销项-进项抵扣算税金，即按销项减进项后的余额交税。

B、小规模纳税人按销售额/(1+征收率)X征收率交税，征收率即为通常说的税率3%。

4、税率与征收率不同， 

A、一般纳税人：基本税率17%，还有13%、11%、6%等低税率，还有几项特殊业务按简易办法征收（参照小规模）。还有零税率应税劳务和货物。

B、小规模纳税人：按3%征收率

C、一般纳税人的进项税是可以抵扣的，小规模纳税人的进项税是不能够抵扣的。